Unter der Bibliothek zeigt das Kirchenschatz-Museum sakrale Gegenstände aus dem 14. bis zum 19. Jahrhundert. Wertvollster Teil der Ausstellung: ein Christus aus Silber von Michelozzo, 1444 als Teil eines Kruzifixes für Cosimo I. geschaffen. Hier steht auch der Sarkophag von Cosimo und ein Raum ist reserviert für fünf Gemälde von Jacopo da Pontormo.